Перед началом футбольного сезона 2009 года во второй лиге префектом Зеленограда была поставлена задача перед ФК "Зеленоград" войти в десятку лучших команд зоны "Запад". И футболисты почти справились с поставленной задачей. Сезон наша команда закончила на 11 месте.
За три тура до конца первенства еще сохранялись теоретические шансы попасть в десятку. И игра 38 тура показала, что футболисты стремятся ее выполнить. В домашнем матче на стадионе «Ангстрем» со счетом 3:1 был обыгран клуб «Локомотив-2». В том матче голы в нашей команде забили Антон Епихин, Александр Кабанов (с пенальти) и Андрей Бовтало.
Однако в следующей игре на выезде против «Динамо» из Вологды нашим футболистам не удалось добыть ни одного очка. ФК «Зеленоград» проиграл со счетом 0:3.
В последнем туре наши футболисты играли на выезде с «Шексной» из Череповца и победили со счетом 2:0. Игра состоялась при минусовой температуре и снегопаде. Однако это не помешало Игорю Вековищеву и Александру Кабанову забить два безответных гола.
В итоге по окончанию сезона ФК «Зеленоград» с 48 очками, при разнице забитых и пропущенных мячей 44-43 занял одиннадцатое место. Клубу удалось подняться на одну строчку вверх, по сравнению с сезонами 2007 и 2008 годов.
Первое же место в зоне «Запад» второй лиги, как и ожидалось, заняло «Динамо» из Санкт-Петербурга. «Торпедовцы» из Владимира в последних турах сбавили обороты, потеряв очки в матчах с «Истрой», «Севером» и «Динамо» из Питера, и не смогли побороться с питерцами за выход в первую лигу.
Лучшим бомбардиром зоны «Запад» с 17 мячами стал футболист вологодского «Динамо» Андрей Опанасюк. По 16 мячей удалось забить в ворота соперника Азамату Гонежукову из санкт-петербургского «Динамо» и Вадиму Классу из клуба «Север». Лучшим же бомбардиром ФК «Зеленоград» стал Антон Епихин с 7 мячами.
Итоговая таблица чемпионата России по футболу сезона 2009 во второй лиге зоны «Запад»: